Il Museo della Collegiata di Empoli, uno dei più antichi musei ecclesiastici d'Italia, è di grande importanza per la pittura del primo Quattrocento tardo gotica e rinascimentale. La prima sede fu la Cappella di San Lorenzo, attigua alla chiesa. Verso il 1890 la raccolta ebbe una sistemazione scientifica a cura di Guido Carocci. Nel 1939 fu trasferita nella Propositura. L'attuale allestimento è stato curato nel 1956 da Guido Morozzi e Enzo Baldini.