Dal mese di luglio 2014 la Biblioteca ha sede all'interno del complesso monumentale della Ss. Annunziata che all'origine non ospitava il "Vecchio Ospedale di Piazza Fiume". L'importante restauro e rifunzionalizzazione della struttura curato dal MiBACT, a seguito di convenzione con la Asl locale, ha dato alla Biblioteca prestigiosi locali tecnologicamente attrezzati.

La biblioteca possiede circa 200.000 volumi. Il suo nucleo storico comprende circa 1500 manoscritti, 71 incunaboli, 3500 edizioni del Cinquecento, 4600 edizioni del Seicento. L'origine della biblioteca risale al lascito che Alessio Fontana, funzionario della Cancelleria Imperiale di Carlo V, destinò nel 1558 alla fondazione del Collegio. Acquisito nel 1632 dall'Università, il patrimonio librario fu progressivamente incrementato. Risale alla fine dell'Ottocento l'acquisizione del Condaghe di S. Pietro di Silki (secc. XII-XIV), importante fonte per lo studio e la storia della lingua sarda.