Il virus SarsCoV2 responsabile della pandemia ha punti deboli finora sconosciuti, che potrebbero diventare bersagli per futuri farmaci e vaccini, soprattutto se diretti contro le varianti del virus. E' stato possibile individuarli grazie al primo modello dinamico della proteina Spike, l'artiglio molecolare che il virus usa per entrare nelle cellule. Il risultato è pubblicato sulla rivista PLOS Computational Biology dall'Istituto tedesco Max Planck di Biofisica.
"Siamo in una fase della pandemia guidata dall'emergere di nuove varianti del virus, con mutazioni concentrate in particolare nella proteina Spike e il nostro approccio può essere di supporto nella progettazione di vaccini e anticorpi terapeutici", osserva il coordinatore della ricerca, Mateusz Sikora.
Fermo immagine del modello dinamico della proteina Spike. In porpora i possibili bersagli di futuri farmaci e vaccini (fonte: Mateusz Sikora, Sören von Bülow, Florian E. C. Blanc, Michael Gecht, Roberto Covino, Gerhard Hummer)
Fin dall'inizio della pandemia è stato chiaro che la proteina Spike era fra le principali armi del virus e sono stati messi a punto subito dei modelli che hanno permesso di progettare i vaccini. Erano però modelli statici, che non permettevano fare osservazioni più dettagliate. Quello descritto adesso dal gruppo di ricerca coordinato da Sikora è invece un modello dinamico, capace di cogliere anche i movimenti della proteina Spike, in particolare quelli del 'mantello' di molecole a base di carboidrati (glicani) che la riveste e che la protegge dagli attacchi del sistema immunitario.
E' un mantello che si sposta continuamente, con movimenti simili a quelli dei tergicristalli delle auto: le catene di molecole che lo costituisce fluttua infatti avanti e indietro, lasciando così ogni volta scoperte zone diverse. Combinando i movimenti osservati nel modello con analisi di bioinformatica i ricercatori sono riusciti a individuare, sulla superficie della proteina Spike, i punti dove la copertura del mantello è minima. L'esistenza di questi vulnerabili è stata in seguito confermata da esperimenti di laboratorio.
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